Ни от количества отверстий, ни от количества типов свёрл (диаметров отверстий) стоимость печатной платы не зависит. Хотя, да, попадаются заказы, в которых явно не продуманы используемые диаметры отверстий.
Раньше, в "советские времена", когда я работал на радиозаводе, там был так называемый нормоконтроль. Он, в том числе, следил за тем, чтобы без необходимости не использовалась большая номенклатура диаметров отверстий. До шести типов свёрл можно было спокойно обходится; введение каждого последующего диаметра требовало согласования у Главного конструктора. Может это и пережиток прошлого, но он заставлял думать. А сейчас иногда посмотришь - переходные делают и 0.4, и 0.5, и 0.6, крепёжные 3.0, 3.1, 3.5. И это всё на одной плате. Неужели нельзя было меньшим количеством обойтись?
Я считаю, что большое количетво диметров отверстий - это некомпетенность разработчика печатной платы.